Vỏ của hạt mướp khá dày nên bạn cần ngâm chúng vào nước ấm ở nhiệt độ khoảng 40 độ C trong vòng 4 - 5 tiếng để hạt cây nở ra. Sau đó đem ủ vào khăn ấm 10 - 12 tiếng cho hạt nứt nanh rồi mới đem trồng.
Bạn cũng có thể bỏ qua bước ngâm ủ hạt giống và trồng trực tiếp để đỡ tốn thời gian. Tuy nhiên như vậy hạt giống sẽ lâu nảy mầm hơn.
Bạn có thể ươm hạt ở các bầu đất nhỏ rồi đem trồng hoặc gieo hạt trực tiếp. Nếu gieo hạt trực tiếp, đào hố rộng khoảng 50 x 50cm. Trộn đều đất với phân chuồng ủ mục vào hố. Cho hạt mướp Nhật vào và phủ lên hạt lớp đất mỏng. Sau đó tưới ít nước cho ẩm đất.